Persécutés puis tolérés
En Martinique, les Juifs furent l'objet de persécutions officielles. En 1659, sous la pression des Jésuites, le droit de commerce leur fut dénié. Leur position cependant attisait les convoitises de ceux qui voyaient leurs prouesses économiques comme une menace sur le commerce :
Je crois qu'il est nécessaire que le Roi envoie un règlement à l'égard des Juifs, ils ont des terres, des maisons en propre, ils ont des esclaves chrétiens, et quantités de commis chrétiens, ils font quasi tout le commerce, et se multiplient beaucoup, de sorte que le commerce est presque tout tenu par ces gens-là.
En 1685, Louis XIV ordonna leur expulsion de l'île. À l'époque, leur nombre ne dépassait pas quatre-vingts. Certains s'enfuirent vers la Barbade, d'autres devinrent des « conversos », chrétiens sous la contrainte. Le Gouverneur de Baas écrivait le 1er Août 1669 :
Les Juifs qui sont établis ici emploient les samedis à faire leurs cérémonies, obligeant leurs nègres et engagés d'observer leur sabbat et de travailler le dimanche et se montrent en public durant le deuil de l'Église qui dure depuis le Jeudi Saint jusqu'au dimanche de Pâques, contrairement à ce qui s'observe dans tous les milieux de l'Europe où on les tolère.
Le 1er Septembre 1688, le Roi abroge l'expulsion des Juifs des îles qui était autrefois ordonnée dans le premier article du Code Noir. Plus tard, les Juifs pratiquant la traite ont été même été anoblis, on peut citer Joseph Nunès Pereyre ou Abraham Gradis :
Malgré la jalousie et les nombreuses tracasseries qu’on leur opposait à cause de leur réussite, les négriers juifs (commerçants, armateurs, banquiers ou planteurs) n’étaient pas à plaindre. Pluchon rappelle avec bonheur que plusieurs parmi eux furent même anoblis par le roi. Ce fut le cas de Joseph Nunès Pereyre, un banquier, à qui le roi [en réalité le régent Philippe d'Orléans] donna en 1720 les titres de vicomte de la Ménaude et de baron d’Ambès. Un autre négrier, Abraham Gradis, obtient des lettres de noblesse en 1751.
Leur vie en Martinique n'était pas celle d'un peuple reclus. Ils étaient pleinement intégrés d'après les récits des Jésuites vivants dans l'île :
Ils se mêlent impunément parmi les chrétiens, boivent et mangent avec eux et, sous prétexte de trafic et de commerce, abusent des personnes simples et corrompent l’innocence des femmes et des filles chrétiennes… Les enfants jouent indifféremment avec les enfants chrétiens.
Parmi ces premiers Juifs martiniquais figure Jacob Gabaye, vivant à Saint-Pierre, la première ville érigée en Martinique. Sur sa propriété se trouvaient une synagogue rudimentaire et un cimetière juif. Il y avait aussi Jacob Louis de Rivière-Salée, Abraham Bueno du Marigot, Isaac Le Tob du Carbet et surtout Benjamin Da Costa, pionnier de la culture du cacao, de la canne à sucre et de l’extraction de l’indigo. Le chocolat et les confitures de fruits de Da Costa, préparés selon les recettes qu’il avait apprises des indigènes, les Indiens Caraïbes exterminés par la suite, étaient vendus à Amsterdam, Bordeaux et Bayonne. En introduisant le processus de raffinage du sucre à la Martinique, Da Costa allait changer le visage de l’île.